Voor een aantal werkzaamheden op plekken waar beschermde dieren voorkomen is geen ontheffing nodig en kan een vrijstelling worden verkregen. Het gaat om werkzaamheden die vaak voorkomen of voorspelbaar zijn, zoals groenonderhoud binnen een gemeente of de werkzaamheden van waterschappen.
Deze vrijstelling en de voorwaarden van de vrijstelling staan in een gedragscode natuurbescherming. Ook staan er maatregelen in een gedragscode. Deze maatregelen voorkomen of beperken de schade aan beschermde dieren en planten bij het uitvoeren van de activiteiten. Een gedragscode natuurbescherming geldt voor heel Nederland, dus niet alleen voor één gebied of plaats. Deze code wordt meestal aangevraagd door een overkoepelende organisatie.
Zo is er voor bestendig beheer, onderhoud, gebruik, ruimtelijke ontwikkeling en inrichting de “Gedragscode Soortbescherming gemeenten” opgesteld. De gedragscode is van toepassing op voorbereidende en uitvoerende werkzaamheden op locaties met wettelijk beschermde soorten. De werkzaamheden worden door gemeenten of in opdracht van gemeenten gerealiseerd. Door te handelen volgens deze gedragscode, worden negatieve effecten op (lokale) populaties van beschermde dieren en planten inzichtelijk gemaakt en voorkomen of beperkt. De maatregelen betreffende ruimtelijke ontwikkeling of inrichting betreffen: gebouwen en werken, houtige begroeiingen, kruidige begroeiingen en onbegroeid terrein, (half)verhardingen en terreinmeubilair, en wateren en oevers.
Gemeente Hoorn is een voorbeeld van een gemeente die werkt met gedragscodes van Vereniging Stadswerk Nederland.